Zbiory etnograficzne przy Ogrodzie Zoologicznym zostały założone w 1888 roku z inicjatywy Komitetu Organizacyjnego Muzeum Etnograficznego, wśród których byli m.in. etnograf Jan Karłowicz (1836-1903) oraz inicjator Ogrodu Zoologicznego na Bagateli Jan Maurycy Kamiński (1844–1907). Większość zbiorów została przekazana przez osoby prywatne, etnografów i podróżników. Były to w dominującej większości okazy etnograficzne, antropologiczne, archeologiczne i krajoznawcze z ziem polskich i zagranicy. Kolekcję eksponowano w 11 pomieszczeniach w pałacyku Bacciarellego na Bagateli. W związku z zamknięciem Ogrodu Zoologicznego i nałożeniem na dobra spółki sekwestru, kolekcja etnograficzna została wykupiona przez Grono Miłośników Etnografii (1891) i przechowywana w piwnicach pałacyku Frascati, będącego siedzibą Muzeum Ornitologicznego hr. Branickich (ul. Wiejska 6).
W 1892 roku, korzystając z pozwolenia ówczesnej władzy Leopold Janikowski (1855-1942), przy współpracy z Janem Karłowiczem i Stanisławem Ciszewskim (1865-1930) otworzyli Stałą Wystawę Etnograficzną (ul. Krakowskie Przedmieście 17), obejmującą kolekcję afrykańską Janikowskiego oraz zbiory etnograficzne z pałacu Frascati. Po zamknięciu wystawy kolekcja ponownie została zabezpieczona i zamknięta dla zwiedzających. Dopiero w 1896 roku dzięki porozumieniu między Gronem Miłośników Etnografii a Muzeum Przemysłu i Rolnictwa wynajęto pomieszczenia w gmachu przy ul. Krakowskie Przedmieście 66 w celu wyeksponowania zbiorów, a w 1897 roku zdecydowano się przekazać kolekcję do muzeum.
Stała wystawa etnograficzna Muzeum Przemysłu i Rolnictwa została otwarta w 1905 roku, a z uwagi na konieczność naukowego opracowania zbiorów w latach 1912-1915 przy muzeum działała Pracownia Etnograficzna. Wybuch I wojny światowej zahamował rozwój zbiorów. W 1921 roku, po objęciu kierownictwa nad kolekcją przez Eugeniusza Frankowskiego (1884-1962) rozpoczął się proces wyodrębniania zbiorów etnograficznych ze struktury Muzeum Przemysłu i Rolnictwa. W 1922 roku kolekcji nadano nazwę Muzeum Etnograficznego, a jego funkcjonowanie wsparte zostało przez środki państwowe udzielane przez Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego. Zbiory Muzeum etnograficznego obejmowały zabytki polskiej kultury materialnej, m.in. stroje ludowe, narzędzia, przedmioty obrzędowe i codziennego użytku. Niemal połowę zbiorów, liczących w 1939 roku ok. 30 000 okazów stanowiły zabytki kultur pozaeuropejskich. Mniej liczne były zabytki kultury słowiańskiej, najmniejszą grupę stanowiły okazy kultury europejskiej. Zbiory muzeum uzupełniała kolekcja fotografii, fonogramów i filmów, a także bogata biblioteka etnograficzna.
W latach 1937-1938 zdecydowano o przeniesieniu zbiorów do budynku zajmowanego dotychczas przez Muzeum Narodowe. Przeprowadzka planowana była na lata 1939-1940, po przeniesieniu zbiorów Muzeum Narodowego do nowej siedziby i wykonaniu koniecznego remontu i adaptacji. Wybuch II wojny światowej i wrześniowe bombardowanie Warszawy doprowadziło do zniszczenia gmachu Muzeum Przemysłu i Rolnictwa. W wyniku pożaru oraz późniejszych działań wojennych zbiory Muzeum Etnograficznego zostały całkowicie zniszczone.
Więcej na temat muzeum zob. m.in.
Projekt muzeum etnograficznego w Warszawie, Wisła. Miesięcznik Geograficzno-Etnograficzny, 1888, t.2, z. 1 s. 243-244
Muzeum etnograficzne w Warszawskim Ogrodzie Zoologicznym, Biesiada Literacka: Pismo literacko-polityczne illustrowane, 1888, t. 26, nr 42 (668), s. 248
Muzeum etnograficzne w Warszawie, Biesiada Literacka: Pismo literacko-polityczne illustrowane, 1893, t. 35, nr 1 (888), s.5-6
Wystawa etnograficzna w Warszawie, Wisła. Miesięcznik Geograficzno-Etnograficzny, 1895, t.9, z. 1, s. 218-220
Zbiory etnograficzne, Kurjer Warszawski,1896, r. 76, nr 322, s. 2 [dod.]
Z wystawy etnograficznej, Wisła. Miesięcznik Geograficzno-Etnograficzny, 1899, t.13, z. 4, s. 705
Zbiory etnograficzne przy Muzeum Przemysłu i Rolnictwa w Warszawie, Miesięcznik Geograficzno-Etnograficzny, 1905, t.19, z. 3, s. 333-334
R.Z., Zbiory naukowe w Warszawie, Zorza, pismo tygodniowe z rysunkami dla miast i gospodarzy rolnych po wsiach. R. 40, 1905, nr 18, s. 473
B., Nierozerwalny związek między archeologią przedhistoryczną (paleo-etnografią) a etnografją współczesną, Wisła. Miesięcznik Geograficzno-Etnograficzny, 1916, nr 1, s. 39-40
Ciszewski Stanisław, Karłowicz Jan, Z muzeum etnograficznego, Wisła. Miesięcznik Geograficzno-Etnograficzny, 1888, t.2, z. 4 s. 893-897
Zofia, Otwarcie Muzeum, Bluszcz. Pismo tygodniowe illustrowane dla kobiet, 1905, r 41, nr 19, s. 217-218
Ciszewski Stanisław, Z muzeum etnograficznego, Wisła. Miesięcznik Geograficzno-Etnograficzny, 1889, t.3, z. 2 s. 474-475
Cor, Zbiory etnograficzne, „Izraelita”, 1897, nr 10, s. 100
Czyżewski Adam red., Zwykłe – niezwykłe: fascynujące kolekcje w zbiorach Państwowego Muzeum Etnograficznego w Warszawie, Warszawa : Państwowe Muzeum Etnograficzne, 2008
Frankowski Eugeniusz, Zbiory etnograficzne w Polsce cz. I, Lud. Kwartalnik etnograficzny, 1922, seria 2, t. 21, s. 40-55
Skrzynecka Janina, Sienkiewicz Joanna red., Państwowe Muzeum Etnograficzne w Warszawie: informator: historia, organizacja, zbiory, wystawy, Warszawa: PME, 2004
Suliga Jan Witold, Państwowe Muzeum Etnograficzne w Warszawie. Dzieje, kolekcje, kierunki rozwoju (cz. 1), 2006, http://www.jws.net.pl/inne/czytelnia/588-jwsuliga-paowe-muzeum-etnograficzne-w-warszawie-dzieje-kolekcje-kierunki-rozwoju-cz-1.html
Wasilewski Zygmunt, Z muzeum etnograficznego, Wisła. Miesięcznik Geograficzno-Etnograficzny, 1889, t.3, z. 4 s. 983-985
Wasilewski Zygmunt, Z muzeum etnograficznego, Wisła. Miesięcznik Geograficzno-Etnograficzny, 1890, t.4, z. 1 s. 283-284
Wasilewski Zygmunt, Z muzeum etnograficznego, Wisła. Miesięcznik Geograficzno-Etnograficzny, 1890, t.4, z. 2 s. 513-514
Wasilewski Zygmunt, Z muzeum etnograficznego, Wisła. Miesięcznik Geograficzno-Etnograficzny, 1890, t.4, z. 3, s. 746-748
Wasilewski Zygmunt, Z muzeum etnograficznego, Wisła. Miesięcznik Geograficzno-Etnograficzny, 1890, t.4, z. 4, s. 978
Muzeum etnograficzne w Warszawskim Ogrodzie Zoologicznym, Biesiada Literacka: Pismo literacko-polityczne illustrowane, 1888, t. 26, nr 42 (668), s. 248
[ato]
